Székely János 1964. június 7-én született Budapesten. Az érettségi után az Esztergomi Hittudományi Főiskolán, majd Budapesten, a Pázmány Péter Hittudományi Akadémián tanult, 1987 és 1991 között a cremisan-betlehemi Saint Paul's Theological College hallgatója volt. A licenciátusi fokozatot 1995-ben Rómában, a Pápai Biblikus Intézetben, a doktori fokozatot 1997-ben a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán szerezte meg.

Székely Jánost 1991-ben szentelték pappá. 1991 és 1993 között Érsekvadkerten volt káplán, majd újabb római tanulmányait követően 1996 és 1998 között a budapesti Rózsák terén szolgált. 1998 és 2001 között plébános Budapest Széphalmon, 1999-től Hidegkúton is. 2001 és 2005 között spirituális a budapesti Központi Papnevelő Intézetben. 2005 és 2006 között a budapesti Örökimádás templom igazgatója, 2006 és 2007 között plébános az esztergomi a Szent Anna plébánián.

2006-tól az Esztergomi Hittudományi Főiskola rektora. 2007. november 14-től az Esztergom-Budapesti Főegyházmegye segédpüspöke. Püspökké szentelése 2008. január 5-én volt Esztergomban.

Az MKPK Cigánypasztorációs Bizottságának és Caritas in Veritate Bizottságának az elnöke, emellett tagja az Oktatási, a Hivatásgondozó és a Felnőttképzési Bizottságnak. 2010-től a Magyarországi Keresztények és Zsidók Tanácsának elnöke.

A Szombathelyi Egyházmegyét 2006 óta vezető Veres András megyés püspököt, az MKPK elnökét Ferenc pápa 2016 májusában helyezte át a Győri Egyházmegye élére.